В гастроэнтерологии изучаются строение и функции пищеварительной системы, а также заболевания, их лечение и профилактика.
Клиническая гастроэнтерология - охватывает заболевания, лечение и профилактику различных отделов пищеварительной системы. Эта система включает пищевод, желудок, двенадцатиперстную кишку и другие части тонкой кишки, толстой кишки, а также печень, желчный пузырь, желчные протоки, поджелудочную железу.
Гепатология - неотъемлемая часть гастроэнтерологии, изучающая заболевания печени, поджелудочной железы, желчного пузыря и желчевыводящих путей, их лечение и профилактика.
Гастрогепатология имеет диагностическое значение при обнаружении рака различных органов пищеварительной системы, желчных камней и опухолей желчного пузыря и желчных протоков, кишечных глистов, инфекционных заболеваний печени и направления пациента к соответствующему специалисту.
Заболевания пищевода
- Ахаласия
 - Эзофагит, вызванный рефлюксом или другой причиной
 - Пищевод Барретта
 - Разрыв пищеводного отверстия диафрагмы
 
Заболевания желудка
- Гастрит
 - Язвенная болезнь
 - Различная диспепсия (заболевания с такими симптомами, как тошнота, раздражительность и отрыжка)
 - Расстройство желудка
 - Двигательные расстройства
 
Заболевания двенадцатиперстной кишки
- Дуоденит
 - Язвенная болезнь
 - Спазмы
 
Заболевания тонкой кишки
- Заболевания с недостаточностью ферментов (например, целиакия)
 - Расстройства всасывания, дивертикулы
 
Заболевания толстой кишки
- Колит
 - Синдром раздраженного кишечника
 - Неспецифический язвенный колит
 - Болезнь Крона
 - Дисбактериоз кишечника
 - Заболевания с диареей и запором
 
Заболевания печени
- Метаболический и вирусный гепатит
 - Гемангиомы
 - Аутоиммунный гепатит
 - Алкогольная болезнь печени
 - Ожирение печени
 - Медикаментозное поражение печени
 - Гемохроматозы
 
Заболевания желчного пузыря и желчевыводящих путей
- Холецистит
 - Холангит
 - Наследственные и приобретенные заболевания, сопровождающиеся «застоем желчи»
 
Заболевания поджелудочной железы
- Различные воспалительные заболевания поджелудочной железы
 - Экзокринные дисфункции